Goa karst di perbukitan karst Gombong Selatan, merupakan bagian dari rangkaina pegunungan Serayu selatan.Perbukitan batuan sedimen, yang terangkat sejak umur Miosen akhir, kemudian dierosi oleh agen air melalui proses kartstifikasi. Di kompleks goa karst ini kemungkinan membentuk sistem sungai bawah tanah yang rumit dan panjang. Dibuktikan ditemuinya mulut goa yang tersebar di desa Argopeni, Ayah, Kebumen, Jawa Tengah.
Disusun oleh batugamping koral (coraline limestone) Formasi Kalipucang. Diendapkan tidak selaras dengan Formasi Gabon. Batugamping ini umur Miosen atau sekitar 20-15 juta tahun yang lalu. Batuan sedimen tersebut diendapkan pada kondisi marin, pada kondisi laut tenang pada saat itu. Di sebelah utaranya tersingkap Formasi Gabon, disusun oleh breksi gunugapi, lava andesit, tuff, lapii dan material laharik berumur Miosen Awal sampai Oligosen Akhir. Menempati tinggian sebelah selatan, memiliki potensi andesit, fostat, magan, tras, bentonit serta cebakan emas.
Morfologi karst wilayah Gombong selatan ini dikenal dengan bentuknya seperti dome, atau membentuk perbukita kerucut yang membulat. Topografinya sangat kasar dan lereng curam yang ditempati oleh bentuk alam khas pelarutan karst. Diantaranya termbentuk lembah dolina, uvala dan danau disebut polye yang tertutup tanah lapuk disebut terarosa.
Di kawasan ini dapati goa-goa yang tersebar di desa Argopeni. Baik yang telah dieksplorasi dan dimanfaatkan menjadi kawasan wisata susur goa maupun yang belum tereksplorasi sama sekali. Keberadaan goa ini karena batuan karbonat memiliki sifat yang mudah laurt, sehingga membentuk sistem sungai bawah tanah. Selain itu terbentuk pengendapan yang disebut ornamen goa.
Diantaranya goa Surupan yang kin telah dikelola masyarakat, dalam kegiatan petulangan susur gua. Menurut warga goa ini berarti air yang nyurup, dahulu jaman dahulu tiba seorang pengemis di kampung ini, kemudian meminta sedekah kepada Aki Sopal, karena tidak diberi, kemudian pengemis tersebut menghukum Aki Sopal dengan banjir bandang, dan ia hanyut ke dalam gua Surupan. Kepercayaan penduduk sekitar, gua ini dijaga Aki Sopal, sambil memegang kapak. Sungai Simerak yang berhulu di gunung Gadung, melalui gua Surupan, dibagian pintu utara, dan menembus di selatan disebut mulut gua Sawangan, berakhir di air terjun terjal, ketinggian sepuluh meter .
Pada jaman keraton di daerah Ayah. Konon seorang anak sakit, kemudian disayembarakan, bagi yang bisa menyembuhakan dengan membawa sarang walet sebagai obat, maka akan diangkat menjadi mantu. Akhirnya burung walet tersebut ada di Gua Pondok, terlihat dari Gua Sawangan, yang berarti memandang.Bagi masyarakat lokal, gua ini dimanfaatkan untuk memancing udang, lele dan ikan tawar jenis lainya dibagian mulut gua yang menghadap ke arah pantai Ayah. Total panjang yang telah dipetakan kurang lebih 478 m, dengan tinggi dan lebar atap rata-rata 8-10 m.
Pergerakan merunduk hingga di dominasi bebas berdiri. Didapati biota khas gua, seperti kalacuka, kalacemeteri kelelawar dan antropoda. Karena aliran air adalah sungai permukaan yang dilalui beberapa pedesaan, maka didapati sampah plastik hingga rumah tangga. Berberapa ornamen gua telah menjadi fosil, kemungkinan karena perubahan dipermukaan. Perjalanan diakhiri di air terjun ketinggian 5 meter,dan didapati telaga dengan diameter 30 meter, tinggi atap 10 meter. Perjalanan kemudian dilanjutkan ke mulut luar gua, menghadap ke arah selatan, pantai Ayah, Kembumen. Dibagian luar gua, air jatuh membentuk air terjun, dengan ketinggian kurang lebih 30 meter, kemudian saluran air ini berakhir di pantai selatan.
Keindahan bentang alam perbukitan karst dan perbukitan intrusi batuan beku ini, bersaing dengan kegiatan eksplorasi. Dibeberapa tempat telah bolong akibat kegiatan penambangan, sehingga bisa membahayakan hilangnya bentang alam Gombong Selatan. Dengan demikina diperlukan perlindungan yang berkelanjutan. Penggalian dilakukan oleh masyarakat setempat, terdapat di Desa Kalisari, Jatijajar, Mangunweni, Tlogosari, Buayan, dan Rogodadi. Mengingat kawasan ini merupakan daerah resapan penting untuk menambah luah sistem tata air bawah tanah, kegiatan penggalian dikhawatirkan akan mengurangi fungsi resapan permukaan batuan. Penggalian dan pembakaran kapur tohor di sekitar Desa Jatijajar dan Redisari dapat mempengaruhi nilai estetika kawasan wisata. Penggalian phospat di Gua Banteng dan gua lainnya di Pakuran dapat mempengaruhi ekosisitim.
